En la ciudad de High Norland, la joven Charmain Baker pasa sus días con la nariz siempre metida en algún libro. Cuando su familia la envía a la casa de un pariente mago, ella parte emocionada por vivir al fin su propia aventura. Pero a su llegada se topa con un confuso laberinto de habitaciones extrañas, un aprendiz sin maestro e infinidad de criaturas singulares. Para colmo, pronto se ve involucrada en una misión del rey por la que acude una intimidante bruja llamada Sophie. En definitiva, algo para lo que ningún libro la había preparado.

La casa de los mil pasillos es la última novela de la trilogía que inicia con El castillo ambulante, y segundo, El castillo en el aire.